Le circuit principal de Batorama parcourt environ huit kilomètres au départ de la Grande Île, inscrite au patrimoine mondial. Le bateau s’engage dans la Petite France, passe deux écluses, glisse sous les Ponts Couverts et longe le barrage Vauban.
Le parcours remonte ensuite vers la Neustadt, quartier bâti sous l’administration allemande entre 1871 et 1918, puis rejoint le quartier européen : Parlement européen, Cour européenne des droits de l’homme et Conseil de l’Europe. Le commentaire est proposé en douze langues, dont l’alsacien, avec une version pour enfants.
Pendant les travaux des pontons, le point d’embarquement (embarcadère Cathédrale ou Quai au Sable) est indiqué sur le billet. Les chiens en laisse ne sont pas acceptés à bord ; un bateau équipé accueille les fauteuils roulants sur réservation.